河北农业大学学报

2021, v.44;No.215(01) 41-50

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核桃JrJAZ基因家族鉴定与转录表达分析
Identification and transcriptional expression analysis of walnut JrJAZ gene family

刘凯;李津津;王红霞;李林晴;赵书岗;张俊佩;马庆国;张志华;

摘要(Abstract):

为了揭示核桃JAZ基因家族在核桃生长发育中的作用,本研究通过构建隐马尔科夫模型与转录组数据结合的方法,在核桃全基因组数据库搜索JAZ家族基因,对该家族进行理化性质、基因结构、保守基序、启动子元件、蛋白互作预测等生物信息学和低温胁迫下的转录表达分析。结果表明,核桃JAZ基因家族包含17个成员,蛋白长度范围为138~385个氨基酸,开放阅读框为417~1 149 bp,等电点为8.47~10,全部为碱性不稳定亲水蛋白;含有典型的TIFY和jas 2个高度保守的结构域,聚类分析发现,该类基因可分为Group A、Group B、GroupC和GroupD4个亚族。在低温胁迫48h后经转录表达分析,JrJAZ1、JrJAZ3、JrJAZ4、JrJAZ5、JrJAZ7、JrJAZ9、JrJAZ15、JrJAZ16为差异表达基因,推测可能响应低温胁迫。本研究结果将为进一步研究该类基因的功能提供了重要线索和依据。

关键词(KeyWords): 核桃;JAZ基因家族;生物信息学分析;转录表达分析

Abstract:

Keywords:

基金项目(Foundation): 国家重点研发计划项目(2019YFD1001603);; 河北省自然科学基金资助项目(C2019204270)

作者(Author): 刘凯;李津津;王红霞;李林晴;赵书岗;张俊佩;马庆国;张志华;

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DOI: 10.13320/j.cnki.jauh.2021.0006

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